Los primeros casos de un brote de encefalitis se informan en la ciudad de Nueva York el 23 de agosto de 1999. Siete personas mueren a causa de los primeros casos del virus del Nilo Occidental en los Estados Unidos.

Se diagnosticó un grupo de ocho casos de encefalitis de San Luis entre pacientes en el distrito de Queens en la ciudad de Nueva York en agosto de 1999. Los casos repentinos de inflamación cerebral crítica se encontraron exclusivamente entre los ancianos. Aproximadamente al mismo tiempo, la gente notó una cantidad excesiva de cuervos muertos en toda la ciudad. Otras aves, incluidas las variedades exóticas alojadas en el zoológico del Bronx, también fueron encontradas muertas.

El Centro para el Control de Enfermedades (CDC) fue llamado para investigar. Descubrieron que el virus del Nilo Occidental, que anteriormente se encontraba solo en Uganda y el Medio Oriente, había sido contraído por aves en toda el área, incluidos petirrojos, patos y águilas. Además de las aves y los humanos, también se sabe que los caballos son susceptibles al virus, que se transmite por los mosquitos.

Tras una investigación más a fondo, las víctimas creyeron que la encefalitis de San Luis había sido infectada con el Nilo Occidental. Causa síntomas similares a la gripe y puede ser mortal tanto en los niños mayores como en los pequeños. A fines del verano, había 56 casos confirmados de West Nile en Nueva York, aunque los CDC estiman que el 80 por ciento de las personas infectadas con West Nile no muestran síntomas y, por lo tanto, no buscarían ayuda médica.

En años posteriores, el virus del Nilo Occidental se movió constantemente hacia el oeste a través de los Estados Unidos.